聯(lián)邦制藥化學藥物研究所成立于1998年，目前是廣東省企業(yè)技術中心、廣東省抗感染工程研究開發(fā)中心、博士后科研工作站、工程技術研究開發(fā)中心。主要負責聯(lián)邦制藥的化學藥物工藝研究、化學藥物質(zhì)量研究、穩(wěn)定性研究及項目申報（藥品注冊）。研發(fā)產(chǎn)品涉及抗生素、抗病毒、糖尿病系列、精神類、眼科用藥等領域。在研品種有10多種化學藥品處于不同的研發(fā)階段。
　　聯(lián)邦制藥化學藥物研究所現(xiàn)擁有一支專業(yè)齊全、結(jié)構(gòu)合理、具有國際視野的藥物研發(fā)和管理團隊，研究員均具有本科及以上學歷，其中碩士研究生及以上學歷人員約占總?cè)藬?shù)的30%，具有專業(yè)技術職稱人員約占總?cè)藬?shù)的50%。同時，研究所具備完善的軟硬件實驗條件，擁有包括意大利馬西姆氣流粉碎機、德國亞歷山大干法制粒機、英國malvern粒度分析儀、日本島津高效液相色譜儀等精密藥物研究設備，配備審計追蹤系統(tǒng)能有效保證研究所電子數(shù)據(jù)的完整性、安全性、準確性及可追溯性。研究所還依托聯(lián)邦制藥的各生產(chǎn)基地，與生產(chǎn)車間無縫對接，構(gòu)建起新藥從實驗到產(chǎn)業(yè)化的系統(tǒng)藥學研發(fā)管理體系，從而保證了藥物研發(fā)有序和高效地運行。
　　化學藥物研究所自建立以來積極與國內(nèi)外高校、科研院所建立了長期友好的合作關系，形成“產(chǎn)學研”戰(zhàn)略合作聯(lián)盟，共同進行有自主知識產(chǎn)權化學藥品的研發(fā)：與四川抗菌素工業(yè)研究所合作進行抗病毒新藥開發(fā)及其他抗感染藥物研究；與中國科學院合作進行老年癡呆藥物開發(fā)；與中國醫(yī)學科學院合作進行新型喹諾酮類抗生素及抗抑郁藥品開發(fā)；與中山大學合作進行新型頭孢類抗生素的研究；與中國醫(yī)藥研究開發(fā)中心合作進行糖尿病藥物開發(fā)；與重慶醫(yī)科大學合作進行抗腫瘤藥物的研究等。
　　化學藥物研究所自建立以來開發(fā)各類新藥共100多個，為公司創(chuàng)造良好的經(jīng)濟效益打下了堅實基礎：2004年，公司推出的新藥憂必青（咪喹莫特乳膏）；2007年，公司推出新產(chǎn)品阿迪仙（阿德福韋酯膠囊）；2008年，倍能安（注射用亞胺培南西司他丁鈉）獲批上市；2011年，公司推出倍能美（注射用美羅培南），同年，他唑仙（注射用哌拉西林鈉他唑巴坦鈉（4:1））獲批上市；2013年，鹽酸美金剛片、鹽酸美金剛口服溶液作為首仿藥品獲批上市。
　　聯(lián)邦制藥化學藥物研究所未來將主要從事抗感染、糖尿病、神經(jīng)系統(tǒng)疾病、心腦血管疾病、內(nèi)分泌、眼科用藥等多個治療領域新產(chǎn)品的研究開發(fā)，不斷拓寬藥物研究領域，廣泛開展交流合作，按照集團發(fā)展要求和市場開發(fā)需要，培育具有較強市場竟爭力的核心技術產(chǎn)品；并嚴格貫徹公司“創(chuàng)新是企業(yè)發(fā)展的根本動力”的研發(fā)戰(zhàn)略，積極進取，為人類醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展而不懈努力，讓生命更有價值。